Bên cạnh gió và ánh nắng mặt trời, các nguồn năng lượng thay thế cho Afghanistan bao gồm khí sinh học và địa nhiệt năng lượng. Khí sinh học được sản xuất bởi chất thải động vật tạo ra nhiên liệu sạch, không mùi và không khói. Quá trình sản xuất cũng tạo ra phân bón chất lượng cao có thể sử dụng cho các trang trại gia đình.

Các bể biogas gia đình cần 50 kg phân chuồng mỗi ngày để hỗ trợ các gia đình trung bình. Bốn đến sáu con bò là cần thiết để sản xuất số lượng này hoặc tám đến chín con lạc đà hoặc 50 cừu/dê. Về mặt lý thuyết, Afghanistan có tiềm năng sản xuất 1,400 triệu m³ khí sinh học hàng năm. Một phần tư số lượng này có thể đáp ứng một nửa nhu cầu năng lượng của Afghanistan, theo một báo cáo tháng 1 năm 2011 từ phòng thí nghiệm năng lượng tái tạo quốc gia Hoa Kỳ.